# Matlantis > > - **Type:** Skill - **Install:** `agentstack add skill-matlantis-matlantis-agent-skills-matlantis` - **Verified:** Yes — security-reviewed for prompt injection and unsafe behavior - **Seller:** [matlantis](https://agentstack.voostack.com/s/matlantis) - **Installs:** 0 - **Category:** [Agent Skills](https://agentstack.voostack.com/c/agent-skills) - **Latest version:** 0.1.0 - **License:** Apache-2.0 - **Upstream author:** [matlantis](https://github.com/matlantis) - **Source:** https://github.com/matlantis/matlantis-agent-skills/tree/main/plugins/matlantis/skills/matlantis ## Install ```sh agentstack add skill-matlantis-matlantis-agent-skills-matlantis ``` Requires the [AgentStack CLI](https://agentstack.voostack.com/docs/cli). Works with Claude Code, Cursor, and any MCP-compatible agent. ## About ## What is Matlantis Matlantis は Matlantis(株) が提供するクラウドベースの原子シミュレーションプラットフォームです。 コアとなるのは PFP (Preferred Potential) で、グラフニューラルネットワークベースの汎用原子間ポテンシャルです。 DFT に近い精度を低コストで実現し、大規模（10,000原子以上）・長時間（数百万ステップ）の動力学計算が可能です。 Matlantis はクラウド上の JupyterLab で動作し、全ての計算は PFP の API サーバーを経由します。 ## Environment Preflight Python を使うコード生成・実行・デバッグに入る前に、必ず Python が使えるか確認してください。 ```bash python --version > /dev/null 2>&1 ``` - `python --version > /dev/null 2>&1` が成功する場合: そのまま Python 関連の作業を進めてください。 - `python --version > /dev/null 2>&1` の終了コードが 1 の場合: Python はまだ使えない前提で処理を止め、次のように日本語で案内してください。 - まず概要として「Python 環境が有効になっていません。いったん Claude を終了し、使いたい Python 環境を有効化してから Claude を再起動してください」と伝える。 - そのうえで、引数まで含めたフルコマンドを案内する。現在 `python313` と `python311` の 2 つの環境が利用できます。 - Python 3.13 環境を使いたい場合: `use_venv python313` をタイプしてから `claude` を起動してください。 - Python 3.11 環境を使いたい場合: `use_venv python311` をタイプしてから `claude` を起動してください。 上記の条件を満たさない状態では、Python コードの実行や Python 前提の追加調査を続けてはいけません。 ## Library Architecture ``` pfp-api-client ...` で再実行してください。 ### よくある落とし穴 | 落とし穴 | 症状 | 対処 | |----------|------|------| | 計算モードの不一致 | 結果が不正（エラーにならない） | フローチャートに従い系に合ったモードを選択 | | 異なるモード間のエネルギー比較 | エネルギー差が無意味 | 同一モードで統一 | | WB97XD を凝縮相に使用 | 精度が大幅低下 | 液体・固体には R2SCAN_PLUS_D3 等を使用 | | D3 補正の未適用 | 分子間相互作用の過小評価 | 分子結晶・液体・吸着・層状物質には `*_PLUS_D3` を使用 | | セル最適化の欠落 | 格子定数が未最適化 | 結晶には `filter=True` または `UnitCellASEFilter` を使用 | | fmax が不適切 | 収束不足または計算過多 | 本番: 0.01 eV/A、簡易: 0.05 eV/A | | フォノンのスーパーセル不足 | 結果が不正確 | `supercell=4-6` から開始、必要に応じ増加 | | 入力サイズ超過 | `Too many atoms` エラー | `atoms.calc.results['calc_stats']` で確認 | | PBE_U を非酸化物に適用 | 不適切な補正 | 酸化物以外の遷移金属は PBE を使用 | ### PFP エラーリファレンス | 例外名 | 原因 | 対処 | |--------|------|------| | `RetriesExceeded` | サーバー再試行回数超過 | `max_retries` 増加またはサーバー状況確認 | | `ConcurrentUseDetected` | ASECalculator への並列アクセス | スレッドごとに個別インスタンス生成 | | `MultiCalculatorUseDetected` | Estimator の複数 Calculator 共有 | Calculator ごとに個別 Estimator 生成 | | `Too many atoms` | 原子数上限超過 | 原子数を削減 | | `Too many neighbors` | 近傍数上限超過（高密度系） | 原子数削減または密度低下 | | `Cell is too small` | PBC に対しセルが小さすぎる | セルサイズ確認 | | `Too big for GPU memory` | GPU メモリ不足 | 待機後再実行、入力構造削減 | ## 関連スキル 以下の個別スキルがタスクに応じて動的に読み込まれます。 各スキルは独立した SKILL.md を持ち、トリガー条件に基づいて自動的にコンテキストに追加されます。 | スキル | 内容 | ユースケース | |--------|------|-------------| | `setup/` | Calculator初期化、構造I/O | 全ての計算の出発点 | | `pfp/` | PFPモデル・calc_mode選択・適用範囲 | モード選択時、PFPで何ができるかを知りたい場合 | | `ase-basics/` | ASE Atoms基本操作 | 構造の作成・編集の基礎 | | `modeling/` | 構造モデリング | 表面/分子/液体/HEA等の構造構築 | | `optimization/` | 構造最適化 | 安定構造の探索 | | `dynamics/` | 分子動力学 | 有限温度での時間発展 | | `reaction/` | 反応経路探索 | NEB/ReactionString/遷移状態 | | `adsorption/` | 吸着 | 吸着構造構築/吸着エネルギー/サイト探索 | | `property-analysis/` | 物性計算 | 弾性/フォノン/拡散/粘度/熱伝導 | | `visualization/` | 可視化 | 構造・軌跡の表示 | | `external-data/` | 外部データ連携 | PubChem/Materials Project/VASP/Gaussian | | `storage/` | Group Driveストレージ | データの永続保存・チーム共有 | | `background-job/` | バックグラウンドジョブ | 長時間計算の実行・管理 | | `pfcc-extras/` | pfcc_extrasユーティリティ | ジョブスケジューリング・堆積・軌跡変換 | | `integrated-workflows/` | 統合ワークフロー | スクリーニング/吸着/欠陥パイプライン | | `ssh/` | SSH接続 | ローカルPCからMatlantisへのSSH接続 | ## Reference Navigation Guide 全ての詳細ドキュメントは `references/` ディレクトリにあります。 ### Getting Started - `references/guidebook/` - プラットフォーム利用ガイド - `references/tutorials/` - ASE基礎からMDまでの7章チュートリアル ### Model Theory - `references/theory/pfp-description/` - PFPアーキテクチャ、訓練データ、対応元素 - `references/theory/d3-description/` - D3分散補正の詳細 - `references/theory/pfp-validation/` - PFP精度ベンチマーク - `references/theory/d3-validation/` - D3パラメータ最適化結果 - `references/theory/mtcsp/` - MTCSP結晶構造予測の概要 ### API Reference - `references/api/pfp-api-client/` - pfp_api_client モジュールドキュメント - `references/api/matlantis-features/` - matlantis_features モジュールドキュメント（最大セクション） - `references/api/mtcsp-api-reference/` - MTCSP API ドキュメント - `references/api/matlantis-group-drive-client/` - Group Drive クライアントドキュメント ### Examples - `references/examples/` - 公式例（全主要機能のランナブルノートブック） - `references/community-examples/` - コミュニティ貢献例（触媒/電池/ポリマー/潤滑剤等） ### API ドキュメントの検索方法 `references/api/matlantis-features/` 内の `generated/` ディレクトリにクラス別APIドキュメントがあります。 クラス名でファイルを検索してください（例: `matlantis_features.features.common.opt.BFGSASEOptFeature.md`）。 `tips/` ディレクトリには高度な使用パターンがあります。 ## サポート・お問い合わせ スキルファイルに関する、ご要望・ご質問がある場合は、Matlantis サポート窓口へお問い合わせください: https://matlantis.zendesk.com/hc/ja ## Source & license This open-source skill is cataloged on AgentStack and links to its original source — we do not rehost the code. - **Author:** [matlantis](https://github.com/matlantis) - **Source:** [matlantis/matlantis-agent-skills](https://github.com/matlantis/matlantis-agent-skills) - **License:** Apache-2.0 Install and usage instructions live in the source repository linked above. ## Pricing - **Free** — Free ## Security capabilities Automated source analysis of v0.1.0 — what this tool can access: - **Network access:** no - **Filesystem access:** no - **Shell / process execution:** no - **Environment & secrets:** no - **Dynamic code execution:** no *"Yes" means the capability is present in the source — more access means more to trust, not that it is unsafe.* ## Versions - **0.1.0** — security scan: passed — Imported from the upstream source. ## Links - Listing page: https://agentstack.voostack.com/l/skill-matlantis-matlantis-agent-skills-matlantis - Seller: https://agentstack.voostack.com/s/matlantis - Browse the marketplace: https://agentstack.voostack.com/browse --- Listed on AgentStack — the marketplace for AI agent skills and MCP servers. Every listing is security-reviewed. Creators keep 70%.