Molecular Properties Predictor

Molecular Properties Predictor

功能概述

该 skill 用于预测小分子多种物化性质。

当前版本通过 Bamboo-Mixer 单分子模型返回以下 11 个性质：

• Tm：熔点（K）
• bp：沸点（K）
• nD：折射率（无单位）
• nD_liquid：液体折射率（无单位）
• dc：介电常数（无单位）
• ST：表面张力（mN/m）
• density：密度（g/cm^3）
• vis：黏度（cP）
• vapP：蒸气压（Pa）

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适用场景

当用户有如下需求时适合调用：

• 查询一个分子的多种物化性质
• 一次性获取熔点、沸点、密度、黏度等多个性质
• 为下游分子筛选提供多指标输入
• 作为拆分单项物性 skill 之前的总入口

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输入形式

单分子输入

• smiles：必填
• name：可选
• temperature：可选，默认 25.0

批量输入

支持 JSON 列表输入，每项至少包含：

• smiles
• name（可选）

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输出字段

每个结果条目通常包含：

• name
• smiles
• canonical_smiles
• status
• temperature_celsius
• backend_used
• model_source
• properties
• property_units
• raw_backend_output

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⚠️ pKa 预测特别说明

本 skill 虽然输出 pka_a 和 pka_b 字段，但不推荐用于 pKa 预测。

推荐方案： 请使用专门的 [pka-predictor](../pka-predictor/SKILL.md) skill 进行 pKa 预测。

原因： | 对比项 | molecular-properties-predictor | pka-predictor | |--------|-------------------------------|---------------| | pKa 准确度 | 中等（误差 ~0.4 单位） | 高（误差 ~0.17 单位） | | 后端 | Bamboo-Mixer 多任务模型 | Uni-pKa 专用模型 | | 微观态处理 | 无 | 支持微观态枚举 + 自由能计算 | | 输出详细度 | 仅返回数值 | 电荷态、去质子化方向、置信度等 |

示例：

# ❌ 不推荐：用本 skill 预测 pKa
python scripts/main_script.py --smiles "CC(=O)O" --name "乙酸"

# ✅ 推荐：用 pka-predictor 预测 pKa
cd ../pka-predictor && ./run_with_venv.sh --smiles "CC(=O)O" --name "乙酸" --backend unipka

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⚠️ 表面张力预测特别说明

本 skill 可预测表面张力 (ST)，但对于单一表面张力预测需求，推荐使用专门的 [surface-tension-predictor](../surface-tension-predictor/SKILL.md) skill。

推荐策略：

| 需求场景 | 推荐 Skill/后端 | |----------|-----------------| | 仅预测表面张力 | surface-tension-predictor | | 表面张力 + 多种物性 | molecular-properties-predictor (Bamboo-Mixer) | | 小分子 (<10 重原子) | surface-tension-predictor (baseline) | | 大分子 (≥10 重原子) | surface-tension-predictor (public_joblib) |

原因： | 对比项 | molecular-properties-predictor | surface-tension-predictor | |--------|-------------------------------|---------------------------| | 表面张力准确度 | 好（误差 ~5%） | 好（误差 ~5% baseline） | | 后端 | Bamboo-Mixer 多任务模型 | baseline / publicjoblib | | 特征数 | 隐式描述符 | 8 个 (baseline) / 130 个 (publicjoblib) | | 灵活性 | 固定 11 个性质 | 可切换后端，针对表面张力优化 | | 适用场景 | 多种物性一次性预测 | 单一表面张力预测 |

测试对比（苯甲酸）： | Skill/后端 | 预测值 | 文献值 | 偏差 | |------------|--------|--------|------| | surface-tension-predictor (baseline) | 41.63 mN/m | ~44 mN/m | -5.4% ✅ | | molecular-properties-predictor (Bamboo) | 41.38 mN/m | ~44 mN/m | -5.9% ✅ | | surface-tension-predictor (public_joblib) | 33.19 mN/m | ~44 mN/m | -24.6% ⚠️ |

示例：

# ✅ 推荐：仅预测表面张力，用 surface-tension-predictor
cd ../surface-tension-predictor
python scripts/main_script.py --smiles "O=C(O)c1ccccc1" --name "苯甲酸" --backend baseline

# ✅ 推荐：同时预测多种物性，用本 skill
cd ../molecular-properties-predictor
python scripts/main_script.py --smiles "O=C(O)c1ccccc1" --properties bp,ST,density

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后端说明

bamboo_mixer

定位

这是当前 skill 的真实模型后端，用于对接 Bamboo-Mixer 单分子物性模型。

当前已完成的真实接入链路

当前版本已完成以下流程：

1. 准备单分子输入 JSON
2. 调用 Bamboo-Mixer 的：

• scripts/prepare_data/prepare_data.py --data_type mono

1. 调用 Bamboo-Mixer 的：

• scripts/test_results/mono.py

1. 使用 mono checkpoint：

• hf_bamboo_mixer/ckpts/mono/optimal.pt

1. 解析输出 output_mono.json
2. 返回 11 个物性结果

当前使用的环境变量

• BAMBOO_MIXER_ADAPTER_PY
• BAMBOO_MIXER_REPO
• BAMBOO_MIXER_PYTHON
• BAMBOO_MIXER_MONO_CKPT

推荐写法：

export BAMBOO_MIXER_ADAPTER_PY=scripts/adapters/bamboo_mixer_properties_adapter.py
export BAMBOO_MIXER_REPO=assets/bamboo_mixer
export BAMBOO_MIXER_PYTHON=assets/bamboo_mixer/.venv/bin/python
export BAMBOO_MIXER_MONO_CKPT=assets/bamboo_mixer/hf_bamboo_mixer/ckpts/mono/optimal.pt

Source & license

This open-source skill is cataloged on AgentStack and links to its original source — we do not rehost the code.

• Author: InternScience
• Source: InternScience/ChemClaw
• License: MIT

Install and usage instructions live in the source repository linked above.