Mt Background Job

バックグラウンドジョブ

概要

Matlantis のバックグラウンドジョブ機能は、長時間計算を Notebook セッションから切り離して実行するための仕組みです。ブラウザを閉じても計算が継続されるため、数時間から数日に及ぶ MD シミュレーション、大量の構造最適化、phonon / QHA 計算などに適しています。

バックグラウンドジョブでは、投入時に Notebook のコピーが作成され、コピー側が実行されます。元ファイルはジョブ実行中でも自由に編集できますが、Python コードで読み込む外部ファイル（データファイルなど）はコピーされない点に注意してください。

このスキルは、ユーザーが background 実行を明示した場合、または Notebook 実行時に foreground / background の選択肢を提示する必要がある場合に優先して参照してください。CLI から background 実行する標準手段は mtl-bg-job です。

主な制約

• デフォルト最大並列実行数: 3 ジョブ
• ディスク上限: 100 GiB（トラジェクトリファイルは肥大化しやすい）
• Notebook を停止すると実行中のジョブも全て停止される
• バックグラウンドジョブで作成した出力ファイルでは 3D NGL Viewer が表示されない

ワークフロー

バックグラウンドジョブの利用は、以下のフローで進めます。

1. バックグラウンドジョブが必要か判断する
   ↓
2. Notebook にチェックポイント処理を追加する
   ↓
3. ジョブを投入する（GUI またはコマンドライン）
   ↓
4. ジョブを監視する（ジョブ一覧画面 / mtl-bg-job list）
   ↓
5. 完了後に結果を取得・確認する

いつバックグラウンドジョブを使うか

以下の判断表を参考にしてください。

| バックグラウンドジョブを使う | 通常実行で良い | |---|---| | 数時間〜数日の MD シミュレーション | 数分で終わる計算 | | 大量の構造最適化（ハイスループットスクリーニング） | インタラクティブに確認しながら進めたい計算 | | phonon / QHA / 長い post-processing | 小さな分子の単発最適化 | | ブラウザを閉じても継続させたい計算 | 短時間ジョブを大量投入したい場合（非効率） |

短時間計算を大量に投入するケースでは、バックグラウンドジョブではなく通常実行でループ処理する方が効率的です。キュー待ちが発生し、並列実行数の上限（3）がボトルネックになります。

実行方式の選び方

Notebook 実行を提案する際は、以下のルールで方式を選んでください。

1. ユーザーが方式を未指定なら、foreground と background の両方を明示する
2. ユーザーが background を指定したら、mtl-bg-job run を使う
3. jupyter nbconvert --to notebook --execute ... は foreground 実行としてのみ扱う
4. 長時間計算では background を推奨する

出力 Notebook 名が未指定なら、input.ipynb に対して input_results.ipynb や input_bg.ipynb のような派生名を提案して構いません。ただし、実行方式は mtl-bg-job から変更しないでください。

Notebook を自動生成・編集してから background 実行する場合は、Notebook metadata の metadata.kernelspec.name が 既存 kernel を指していることを前提にしてください。python3 のような汎用名を新規に入れてはいけません。

実装パターン

パターン A: GUI からのジョブ投入

Notebook ツールバーの再生ボタンをクリックして投入します。

1. Notebook を開く
2. ツールバーの再生ボタンをクリック
3. 出力先ファイル名を設定する
4. 優先度を設定する（高優先度 / 低優先度）
5. 投入する

ツールバーの再生ボタン右隣のボタンからジョブ一覧画面にアクセスできます。Active タブでは実行中・待機中のジョブを確認でき、ドラッグ&ドロップでキューの並び替えが可能です。

パターン B: コマンドラインからのジョブ投入

mtl-bg-job CLI を使用します。ユーザーが「バックグラウンドジョブで実行して」と言った場合の第一候補はこの方法です。

# ジョブ投入
mtl-bg-job run phonon.ipynb phonon_results.ipynb

# 実行中のジョブ一覧
mtl-bg-job list --phase active

# JSON 形式で取得（スクリプト連携用）
mtl-bg-job list --phase active --format json | jq '.jobs | map(.status) | unique'

# 詳細ヘルプ
mtl-bg-job --help

kernel 周りでは次のルールを守ってください。

1. Notebook 側に既存 kernel (python313, python311 など) が設定されている場合は、その kernel を前提に mtl-bg-job run してください。
2. mtl-bg-job run が kernel '...' is not available で失敗した場合は、エラーメッセージに出た利用可能 kernel のいずれか既存のものを使って即座に再実行してください。
3. 再実行時は mtl-bg-job run --kernel input.ipynb output.ipynb を使ってください。
4. Notebook をこれから書き直す場合は、再発防止のため Notebook metadata の metadata.kernelspec.name も同じ既存 kernel に合わせてください。

# Notebook metadata の kernel が使えない場合は既存 kernel を明示する
mtl-bg-job run --kernel python313 phonon.ipynb phonon_results.ipynb

foreground 実行が必要な場合のみ、別手段として jupyter nbconvert --to notebook --execute ... を使ってください。background 実行の代替として nbconvert を選んではいけません。

パターン C: MD のチェックポイント設計

長時間 MD では、再起動時に最初からやり直しにならないよう Trajectory の append モード ("a") を使います。

from ase.io import read, Trajectory
from ase.md.langevin import Langevin
from ase import units
from pfp_api_client.pfp.estimator import Estimator, EstimatorCalcMode
from pfp_api_client.pfp.calculators.ase_calculator import ASECalculator

atoms = read('initial.cif')
atoms.calc = ASECalculator(
    Estimator(model_version='v8.0.0', calc_mode=EstimatorCalcMode.PBE)
)

# "a" = append モード: 再起動後も続きから書き込まれる
traj = Trajectory('md.traj', 'a', atoms)
dyn = Langevin(atoms, timestep=1.0*units.fs, temperature_K=300, friction=0.01)
dyn.attach(traj.write, interval=100)  # 100 ステップごとに保存

dyn.run(100000)

ポイント:

• Trajectory の第 2 引数に "a" を指定すると、ファイルが既に存在する場合は末尾に追記されます
• interval=100 のように保存間隔を調整し、ディスク消費を抑えてください
• .traj ファイルは大きくなりやすいため、ディスク上限 100 GiB に注意が必要です

パターン D: ループ計算のチェックポイント設計

大量の構造最適化など、ループで回す計算では JSON ファイルに進捗を逐次保存します。

import json, os
from ase.optimize import BFGS
from ase.io import read
from pfp_api_client.pfp.estimator import Estimator, EstimatorCalcMode
from pfp_api_client.pfp.calculators.ase_calculator import ASECalculator

structures = read('structures.xyz', ':')
results_file = 'optimization_results.json'

# チェックポイントからの復帰
if os.path.exists(results_file):
    with open(results_file) as f:
        results = json.load(f)
    start_idx = len(results)
else:
    results = []
    start_idx = 0

for i, atoms in enumerate(structures[start_idx:], start=start_idx):
    atoms.calc = ASECalculator(
        Estimator(model_version='v8.0.0', calc_mode=EstimatorCalcMode.PBE)
    )
    opt = BFGS(atoms, trajectory=f'opt_{i}.traj')
    opt.run(fmax=0.05)

    results.append({
        'index': i,
        'energy': atoms.get_potential_energy(),
        'converged': opt.converged()
    })

    # 毎回保存することで、中断時も途中まで の結果が残る
    with open(results_file, 'w') as f:
        json.dump(results, f, indent=2)

    print(f"Completed {i+1}/{len(structures)}")

ポイント:

• start_idx = len(results) で、既に完了した計算をスキップします
• json.dump を毎イテレーション実行することで、中断しても途中結果が失われません
• リストに結果を溜め続けるとメモリが増大するため、大規模な場合はファイルへの逐次書き出しを検討してください

パターン E: ログ管理

バックグラウンドジョブでは、進捗をログとして出力することが重要です。

from datetime import datetime

def log(msg):
    print(f"[{datetime.now():%Y-%m-%d %H:%M:%S}] {msg}", flush=True)

log("Starting calculation...")
for i in range(total_steps):
    if i % 1000 == 0:
        log(f"Step {i}/{total_steps} completed")
log("Calculation finished")

ポイント:

• flush=True で出力を即座に書き込みます（バッファリングによる遅延を防止）
• 全ステップでログを出力するとファイルが肥大化するため、一定間隔で出力してください

パターン F: メモリ最適化

長時間計算ではメモリ消費に注意が必要です。

# NG: リストに結果を溜め続ける（メモリが増大する）
energies = []
for i in range(100000):
    energies.append(atoms.get_potential_energy())

# OK: ファイルに逐次書き出す
with open('energies.txt', 'w') as f:
    for i in range(100000):
        energy = atoms.get_potential_energy()
        f.write(f"{i} {energy}\n")
        f.flush()

ベストプラクティス

pfcc-extras を優先する

バックグラウンドジョブのコード実装においても、ASE と pfcc-extras の両方で実現できる機能は pfcc-extras を優先して使用してください。特に以下の点に注意してください。

• 可視化: ase.visualize.view ではなく pfcc_extras.show_gui / view_ngl を使用
• PBC ラッピング: atoms.wrap() ではなく pfcc_extras.structure.wrap_molecule を使用（分子断裂を防止）
• 衝突検出: pfcc_extras.structure.collision.CollisionDetector を使用
• ジョブ実行制御: 複数 Notebook の並列・逐次実行には pfcc_extras.job_scheduler.runner.run_jobs を使用
• 軌跡変換: MDTraj / MDAnalysis への変換には pfcc_extras.trajectory のユーティリティを使用

優先度の設定

| 優先度 | 用途 | |---|---| | 高優先度（デフォルト） | 急ぎの計算 | | 低優先度 | 時間的余裕のある計算。他ユーザーへの影響を抑え、チーム全体のトークン消費を平準化 |

優先度は投入ダイアログ、またはジョブ一覧画面で待機中ジョブに対して変更可能です。

並列数の管理

• デフォルトの最大並列実行数は 3 です
• 長時間計算を 3 つまで同時に実行できます（数時間以上のジョブ向き）
• 短時間計算を大量に投入するのはキュー待ちが発生するため非効率です

チーム運用のルール

1. 大規模計算は事前共有: 長時間かかる計算はチーム内で事前に共有してください
2. 低優先度の活用: 締切に余裕がある計算は低優先度で投入し、リソースを譲り合ってください
3. 完了後は Group Drive に保存: 計算結果を Group Drive に置いてチームで再利用可能にしてください

メール通知

Matlantis 設定ダイアログで通知先メールアドレスを設定すると、ジョブ完了時にメール通知を受け取れます。長時間ジョブの完了を見逃さないために設定を推奨します。

チェックポイント設計の原則

| 計算タイプ | チェックポイント方式 | キーポイント | |---|---|---| | MD シミュレーション | Trajectory("file.traj", "a", atoms) | append モードで再起動後も続きから | | ループ計算（最適化バッチ等） | JSON ファイルに毎回保存 | start_idx = len(results) で復帰位置を計算 | | 大規模データ出力 | ファイルへの逐次書き出し | メモリに溜めず f.write() + f.flush() |

よくあるエラーと対処

| エラー / 問題 | 原因 | 対処 | |---|---|---| | ジョブが突然停止した | Notebook が停止された | Notebook を停止するとジョブも全て停止します。Notebook を再起動してジョブを再投入してください | | ディスク容量不足 | トラジェクトリファイルの肥大化 | interval を大きくして保存頻度を下げる。不要な .traj ファイルを削除する。上限は 100 GiB | | 再起動後に最初からやり直しになる | チェックポイントが未設定 | MD は append モード ("a")、ループ計算は JSON チェックポイントを実装してください | | NGL Viewer が表示されない | バックグラウンドジョブの制約 | バックグラウンドジョブの出力ファイルでは 3D Viewer が利用できません。結果確認は通常の Notebook で行ってください | | ジョブがキュー待ちのまま進まない | 並列数上限（3）に達している | ジョブ一覧画面で優先度を調整するか、不要なジョブをキャンセルしてください | | メモリ不足（OOM） | リストへの結果蓄積 | ファイルへの逐次書き出しに切り替えてください | | ログが出力されない | バッファリング | print(..., flush=True) を使用してください | | 外部ファイルが見つからない | ジョブ投入時にコピーされない | Notebook がコピーされますが、参照する外部ファイルはコピーされません。絶対パスまたは共通の場所にファイルを配置してください |

関連ガイド

• 統合ワークフロー (integrated-workflows/SKILL.md): 大量の構造最適化をバックグラウンドジョブで実行するパターン
• pfcc_extras ユーティリティ (pfcc-extras/SKILL.md): run_jobs によるNotebookジョブの自動実行
• SSH 接続 (ssh/SKILL.md): SSH 経由でのジョブ監視・ファイル転送

Source & license

This open-source skill is cataloged on AgentStack and links to its original source — we do not rehost the code.

• Author: matlantis
• Source: matlantis/matlantis-agent-skills
• License: Apache-2.0

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