Matlantis

What is Matlantis

Matlantis は Matlantis(株) が提供するクラウドベースの原子シミュレーションプラットフォームです。 コアとなるのは PFP (Preferred Potential) で、グラフニューラルネットワークベースの汎用原子間ポテンシャルです。 DFT に近い精度を低コストで実現し、大規模（10,000原子以上）・長時間（数百万ステップ）の動力学計算が可能です。

Matlantis はクラウド上の JupyterLab で動作し、全ての計算は PFP の API サーバーを経由します。

Environment Preflight

Python を使うコード生成・実行・デバッグに入る前に、必ず Python が使えるか確認してください。

python --version > /dev/null 2>&1

• python --version > /dev/null 2>&1 が成功する場合: そのまま Python 関連の作業を進めてください。
• python --version > /dev/null 2>&1 の終了コードが 1 の場合: Python はまだ使えない前提で処理を止め、次のように日本語で案内してください。
• まず概要として「Python 環境が有効になっていません。いったん Claude を終了し、使いたい Python 環境を有効化してから Claude を再起動してください」と伝える。
• そのうえで、引数まで含めたフルコマンドを案内する。現在 python313 と python311 の 2 つの環境が利用できます。
• Python 3.13 環境を使いたい場合: use_venv python313 をタイプしてから claude を起動してください。
• Python 3.11 環境を使いたい場合: use_venv python311 をタイプしてから claude を起動してください。

上記の条件を満たさない状態では、Python コードの実行や Python 前提の追加調査を続けてはいけません。

Library Architecture

pfp-api-client           ...` で再実行してください。

### よくある落とし穴

| 落とし穴 | 症状 | 対処 |
|----------|------|------|
| 計算モードの不一致 | 結果が不正（エラーにならない） | フローチャートに従い系に合ったモードを選択 |
| 異なるモード間のエネルギー比較 | エネルギー差が無意味 | 同一モードで統一 |
| WB97XD を凝縮相に使用 | 精度が大幅低下 | 液体・固体には R2SCAN_PLUS_D3 等を使用 |
| D3 補正の未適用 | 分子間相互作用の過小評価 | 分子結晶・液体・吸着・層状物質には `*_PLUS_D3` を使用 |
| セル最適化の欠落 | 格子定数が未最適化 | 結晶には `filter=True` または `UnitCellASEFilter` を使用 |
| fmax が不適切 | 収束不足または計算過多 | 本番: 0.01 eV/A、簡易: 0.05 eV/A |
| フォノンのスーパーセル不足 | 結果が不正確 | `supercell=4-6` から開始、必要に応じ増加 |
| 入力サイズ超過 | `Too many atoms` エラー | `atoms.calc.results['calc_stats']` で確認 |
| PBE_U を非酸化物に適用 | 不適切な補正 | 酸化物以外の遷移金属は PBE を使用 |

### PFP エラーリファレンス

| 例外名 | 原因 | 対処 |
|--------|------|------|
| `RetriesExceeded` | サーバー再試行回数超過 | `max_retries` 増加またはサーバー状況確認 |
| `ConcurrentUseDetected` | ASECalculator への並列アクセス | スレッドごとに個別インスタンス生成 |
| `MultiCalculatorUseDetected` | Estimator の複数 Calculator 共有 | Calculator ごとに個別 Estimator 生成 |
| `Too many atoms` | 原子数上限超過 | 原子数を削減 |
| `Too many neighbors` | 近傍数上限超過（高密度系） | 原子数削減または密度低下 |
| `Cell is too small` | PBC に対しセルが小さすぎる | セルサイズ確認 |
| `Too big for GPU memory` | GPU メモリ不足 | 待機後再実行、入力構造削減 |

## 関連スキル

以下の個別スキルがタスクに応じて動的に読み込まれます。
各スキルは独立した SKILL.md を持ち、トリガー条件に基づいて自動的にコンテキストに追加されます。

| スキル | 内容 | ユースケース |
|--------|------|-------------|
| `setup/` | Calculator初期化、構造I/O | 全ての計算の出発点 |
| `pfp/` | PFPモデル・calc_mode選択・適用範囲 | モード選択時、PFPで何ができるかを知りたい場合 |
| `ase-basics/` | ASE Atoms基本操作 | 構造の作成・編集の基礎 |
| `modeling/` | 構造モデリング | 表面/分子/液体/HEA等の構造構築 |
| `optimization/` | 構造最適化 | 安定構造の探索 |
| `dynamics/` | 分子動力学 | 有限温度での時間発展 |
| `reaction/` | 反応経路探索 | NEB/ReactionString/遷移状態 |
| `adsorption/` | 吸着 | 吸着構造構築/吸着エネルギー/サイト探索 |
| `property-analysis/` | 物性計算 | 弾性/フォノン/拡散/粘度/熱伝導 |
| `visualization/` | 可視化 | 構造・軌跡の表示 |
| `external-data/` | 外部データ連携 | PubChem/Materials Project/VASP/Gaussian |
| `storage/` | Group Driveストレージ | データの永続保存・チーム共有 |
| `background-job/` | バックグラウンドジョブ | 長時間計算の実行・管理 |
| `pfcc-extras/` | pfcc_extrasユーティリティ | ジョブスケジューリング・堆積・軌跡変換 |
| `integrated-workflows/` | 統合ワークフロー | スクリーニング/吸着/欠陥パイプライン |
| `ssh/` | SSH接続 | ローカルPCからMatlantisへのSSH接続 |

## Reference Navigation Guide

全ての詳細ドキュメントは `references/` ディレクトリにあります。

### Getting Started
- `references/guidebook/` - プラットフォーム利用ガイド
- `references/tutorials/` - ASE基礎からMDまでの7章チュートリアル

### Model Theory
- `references/theory/pfp-description/` - PFPアーキテクチャ、訓練データ、対応元素
- `references/theory/d3-description/` - D3分散補正の詳細
- `references/theory/pfp-validation/` - PFP精度ベンチマーク
- `references/theory/d3-validation/` - D3パラメータ最適化結果
- `references/theory/mtcsp/` - MTCSP結晶構造予測の概要

### API Reference
- `references/api/pfp-api-client/` - pfp_api_client モジュールドキュメント
- `references/api/matlantis-features/` - matlantis_features モジュールドキュメント（最大セクション）
- `references/api/mtcsp-api-reference/` - MTCSP API ドキュメント
- `references/api/matlantis-group-drive-client/` - Group Drive クライアントドキュメント

### Examples
- `references/examples/` - 公式例（全主要機能のランナブルノートブック）
- `references/community-examples/` - コミュニティ貢献例（触媒/電池/ポリマー/潤滑剤等）

### API ドキュメントの検索方法

`references/api/matlantis-features/` 内の `generated/` ディレクトリにクラス別APIドキュメントがあります。
クラス名でファイルを検索してください（例: `matlantis_features.features.common.opt.BFGSASEOptFeature.md`）。
`tips/` ディレクトリには高度な使用パターンがあります。

## サポート・お問い合わせ

スキルファイルに関する、ご要望・ご質問がある場合は、Matlantis サポート窓口へお問い合わせください: https://matlantis.zendesk.com/hc/ja

## Source & license

This open-source skill is cataloged on AgentStack and links to its original source — we do not rehost the code.

- **Author:** [matlantis](https://github.com/matlantis)
- **Source:** [matlantis/matlantis-agent-skills](https://github.com/matlantis/matlantis-agent-skills)
- **License:** Apache-2.0

Install and usage instructions live in the source repository linked above.