Bio Af2 Folding Inference

AF2 / OpenFold 结构推理

使用边界

用于 AF2 风格蛋白结构预测：AlphaFold JAX/Haiku 或 OpenFold PyTorch。若输入含蛋白、核酸、配体多分子复合物并使用 AF3 JSON，读取 ../af3-protenix-complex-inference/SKILL.md。

可复用资源

• {onescience_path}/onescience/examples/biosciences/_manifests/model_requests/af2_inference_request.yaml：FASTA、preset、数据库、参数和输出模板。
• references/af2_openfold_execution.md：AlphaFold 和 OpenFold 的入口、协议差异、preflight 和输出检查。
• 公共检查工具：{onescience_path}/onescience/examples/biosciences/_manifests/tools/validate_bio_inference_manifest.py、{onescience_path}/onescience/examples/biosciences/_manifests/tools/check_inference_outputs.py。

推荐流程

1. 选择模型：原版 AF2/JAX 用 AlphaFold；PyTorch/OpenFold 权重或 OpenFold pipeline 用 OpenFold。
2. 明确输入：FASTA、monomer/multimer、MSA 是否预计算、template 最大日期、数据库 preset。
3. 读模型卡：onescience-coder/assets/models/alphafold.md 或 openfold.md。
4. 固定入口：

• AlphaFold：{onescience_path}/onescience/examples/biosciences/alphafold/run_alphafold.py
• OpenFold：{onescience_path}/onescience/examples/biosciences/openfold/run_pretrained_openfold.py

1. Preflight：参数目录、数据库目录、MSA 工具、template、输出目录、设备和精度。
2. Postflight：ranked PDB、unrelaxed/relaxed 区分、ranking_debug、pLDDT/PAE、链数和残基数。

交接物

bio_task_family: bio-inference
selected_concrete_skill: af2-folding-inference
model_family: AlphaFold_or_OpenFold
inference_mode: monomer_or_multimer
input_protocol: FASTA_plus_MSA_template_pipeline
entrypoint:
checkpoint_or_model_dir:
database_preset:
model_preset:
preflight_checks:
expected_outputs:
output_validation_plan:
execution_entry:

禁止事项

• 不要把 AlphaFold JAX feature dict 直接交给 OpenFold PyTorch batch。
• Multimer 不能只把多条链拼成 monomer FASTA；必须走对应 preset 和 pipeline。
• 不要把 relaxed PDB 当作模型原始结构误差分析对象。

Source & license

This open-source skill is cataloged on AgentStack and links to its original source — we do not rehost the code.

• Author: onescience-ai
• Source: onescience-ai/OneSkills
• License: MIT

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