Bio Analysis Tools
生物信息分析工具箱范畴路由。用于 Biopython/pysam/Scanpy/scvi-tools/R/Bioconductor/RDKit/质谱工具/统计可视化等工具型请求，选择具体工具 skill，明确输入格式、API 边界和下游交接。
Bio Mass Spectrometry Toolkit
质谱分析工具 skill。用于 PyOpenMS、OpenMS、matchms、mzML/mzXML、feature detection、RT alignment、spectral similarity、peptide/protein identification、metabolite annotation 和 MS 数据结构处理。
Onescience Paper Repro
面向 OneScience 的论文复现前处理技能。用于用户要求复现论文、实现论文、paper to code、根据论文生成代码，或上游传递 task_method=paper2code / domain_task_family=paper-reproduction 时，负责下载或读取论文、解析论文内容、抽取复现所需信息，只生成 reproduction_spec.md 与 coder_task_description.md 两个核心产物；coder_task_description.md 必须完整承载 reproduction_spec.md 中所有已确定的实现相关内容，并作为 onescience-coder 唯一消费的编码任务输入。
Bio Inference
OneScience 生信模型推理范畴路由。用于执行当前 OneScience 代码仓已有 biosciences 模型的 inference、predict、sampling、generation、score-only 或 batch inference：AlphaFold、OpenFold、AlphaFold3、Protenix、SimpleFold、RFdiffusion、ProteinMPNN、PT-DiT、ProToken、Evo2、MolSculptor。强调输入协议、checkpoint、设备、环境、命令入口、输出校验和失败恢复；模型结构或训练改造请转 onescience-models。
Onescience Bio Domain
OneScience 生物信息领域总路由。用于 biology、bioinformatics、biosciences、生信、蛋白、基因、组学、单细胞、空间组学、变异检测、结构预测、蛋白设计、药物设计、公共数据库、实验室数据、临床研究等请求中，按范畴选择具体生信 skill，区分 OneScience 模型任务与通用生信分析任务，并生成角色交接物。
Bio Clinical Trial Protocol
生命科学临床研究方案 skill。用于药物、器械、诊断、数字生物标志物或生信伴随诊断相关临床研究方案，包含研究目标、设计、终点、入排标准、样本量、统计分析和监管证据整理。
Bio Simplefold Inference
SimpleFold 蛋白结构推理 skill。用于执行 OneScience SimpleFold flow-matching FoldingDiT 的 FASTA 到结构、sample、pLDDT 和 ESM 条件推理，收紧模型规模、ESM 特征、atom-token 特征、采样步数、checkpoint 和结构输出校验。
Bio Imaging Mass Cytometry
Imaging mass cytometry 与多重组织空间表型 skill。用于 IMC、MIBI、CODEX 或多重 IF 的通道 QC、热像素处理、细胞分割、marker 表型、邻域图、空间相互作用和 ROI 级报告。
Onescience Coder
面向 OneScience 代码库的实现技能。用于用户已进入实现阶段时分析可行性、选择最小改造路径，并按需完成 DataPipe、模型、组件或配置相关代码实现；代码生成完成后必须执行静态需求一致性 review，逐条核对生成代码是否满足参数、结构、输入输出、组件复用和文件落点等要求，并根据 review 反馈回改代码。若用户只是询问技能路线、规划路径、先不要写代码或尚未授权实现，应先进入 onescience-workflow / onescience-role，而不是直接触发本 skill。
Bio Experimental Protocol Automation
实验协议与自动化交接范畴路由。用于生物实验协议检索整理、液体处理机器人协议、ELN/样本注册和库存交接、Western blot 或凝胶图像定量、实验步骤转为可执行模板等任务。
Bio Assay Image Quantification
实验图像定量 skill。用于 Western blot、gel electrophoresis、dot blot、plate image 等 band/lane/spot 定量、背景扣除、housekeeping/loading control 归一化、重复聚合和图表交接。
Bio Proteinmpnn Inference
ProteinMPNN inverse folding 推理 skill。用于执行 OneScience ProteinMPNN 的 PDB 骨架到序列设计、score-only、conditional probabilities、fixed chains、fixed positions、tied positions、PSSM、omit AA 和 CA-only 推理，收紧 JSONL helper、chain_M、权重目录、采样温度和 FASTA/score 输出校验。
Bio R Bioconductor Toolkit
R 与 Bioconductor 生信工具 skill。用于 DESeq2、edgeR、limma、tximport、Seurat、SingleCellExperiment、GenomicRanges、clusterProfiler、ComplexHeatmap、RMarkdown/Quarto 等 R 生信分析设计。
Bio Read Qc Trimming
FASTQ 质控与剪切 skill。用于 raw FASTQ 的 FastQC/fastp/MultiQC、adapter 去除、质量过滤、长度过滤、UMI 预处理、paired-end 一致性检查和下游比对/定量前数据准备。
Bio Clinical Lab Quality
生物信息临床、实验室与质量范畴路由。用于实验设计、样本量和功效、临床试验方案、实验仪器数据标准化、LIMS/ELN 交接、QC 报告、可复现报告和科研问题选择等生命科学邻域任务。
Bio Proteomics Metabolomics Databases
蛋白质组和代谢组数据库 skill。用于 PRIDE、PeptideAtlas、MassIVE、ProteomeXchange、HMDB、Metabolomics Workbench、RefMet、GNPS、mzML/raw 文件、肽段证据和代谢物谱库查询交接。
Bio Data Foundation
生物信息数据基础设施范畴路由。用于序列文件、FASTQ 质控、BAM/CRAM/SAM、VCF/BCF/BED/GFF、公共数据下载接入、样本表和元数据设计等底层数据任务，选择具体 data-foundation skill 并生成交接物。
Bio Alignment Bam Processing
比对文件处理 skill。用于 STAR/BWA/Bowtie2/HISAT2/minimap2 输出后的 SAM/BAM/CRAM sort、index、filter、dedup、coverage、mapping QC、read group、region extraction 和 pysam/samtools 操作设计。
Bio Lab Instrument Standardization
实验室仪器数据标准化 skill。用于 plate reader、qPCR、cell counter、spectrophotometer、chromatography、electrophoresis、CSV/Excel/PDF/TXT 输出到结构化 JSON/CSV、LIMS/ELN 上传和字段映射。
Bio Variant Interval Files
变异与区间文件处理 skill。用于 VCF/BCF、BED、GFF/GTF、interval_list、peak、DMR、loop、genomic ranges 的过滤、合并、交集、注释、坐标系转换和 genome build 一致性检查。
Bio Statistics Visualization
生信统计与可视化 skill。用于实验统计设计、PCA/UMAP、volcano、MA、heatmap、survival、regression、multiple testing、batch correction、SHAP、publication-ready figures 和 QC 图表规划。
Bio Af3 Protenix Complex Inference
AlphaFold3 / Protenix 复合物结构推理 skill。用于执行 OneScience 中 AlphaFold3 JAX 或 Protenix PyTorch 的蛋白、核酸、配体、离子复合物推理，收紧 AF3 JSON、Protenix JSON、MSA/template/CCD/RDKit、checkpoint、diffusion samples、attention fallback 和 confidence 输出校验。
Bio Cell Imaging Cytometry
细胞图像、流式与空间表型范畴路由。用于 FCS 流式或质谱流式、门控、补偿、CyTOF/IMC、显微图像分割、全切片病理图像、OMERO 或 Bio-Formats 图像管理、细胞表型和空间邻域分析。
Bio Sequence Io Manipulation
序列读写与操作 skill。用于 FASTA、FASTQ、GenBank、EMBL、GFF/GTF、PDB/mmCIF 中的序列解析、格式转换、反向互补、转录翻译、GC/长度统计、motif 搜索、批量序列处理和序列抽取。
Bio Experimental Design Power
生物实验设计、样本量和统计功效 skill。用于 omics study design、批次设计、paired/blocking、replicate、power analysis、multiple testing、randomization、covariate、time course 和统计风险评估。
Bio Liquid Handling Protocols
生物实验液体处理自动化 skill。用于 Opentrons OT-2/Flex 或通用液体处理机器人协议、PCR/qPCR setup、serial dilution、plate replication、deck map、labware、移液范围和模拟交接。
Bio Samplesheet Metadata Design
样本表与元数据设计 skill。用于 RNA-seq、variant calling、ATAC-seq、single-cell、Nextflow/Snakemake 等任务的 samplesheet、metadata、contrast、batch、covariate、data dictionary 和命名规范设计。
Bio Qc Reporting Reproducibility
生信 QC 报告和可复现交付 skill。用于 MultiQC、Jupyter、Quarto、RMarkdown、HTML/PDF 报告、figure export、run manifest、方法记录、参数记录、结果包和可复现分析说明。
Onescience Parallel
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Bio Cheminformatics Toolkit
化学信息学工具 skill。用于 RDKit、Datamol、SMILES/SDF/MOL2、分子标准化、descriptor、fingerprint、Tanimoto、SMARTS 子结构、Lipinski、反应枚举、药物样库过滤和分子可视化。
Onescience Role
OneScience 内部角色决策层。用于在用户工作流已明确后，从科研工作流程中的人员角色视角识别当前负责人、选择最小角色链，并把角色交接物转交给执行层技能；paper2code 角色交接必须禁止 GitHub/code/repository 检索和官方/第三方实现代码参考。
Bio Microscopy Image Management
显微和医学图像管理 skill。用于 OMERO、Bio-Formats、ImageJ/Fiji、napari、DICOM、OME-TIFF、ROI、图像元数据、批量导入导出、去标识化和审阅交接。
Onescience Installer
在远程 SSH/SLURM 或已进入目标容器/登录节点的环境中安装、修复并验证 OneScience。内部固定执行 discover -> precheck -> install -> verify，消费 execution_profile、hardware_profile、install profile、workspace bootstrap profile 与 install domain profile；用户要求安装 earth/cfd/bio/matchem/all 等环境时使用。
Bio Single Cell Toolkit
单细胞工具 skill。用于 Scanpy、AnnData、scvi-tools、scANVI、totalVI、PeakVI、MultiVI、DestVI、cell type annotation、cellxgene、MuData、scvelo 等工具选择和 API 交接。
Bio Python Bio Toolkit
Python 生信编程工具 skill。用于 Biopython、pysam、cyvcf2、scikit-bio、Bio.PDB、Entrez、BLAST 解析、FASTA/GenBank/PDB/BAM/VCF 编程处理和自定义 Python 生信脚本设计。
Bio Evo2 Inference
Evo2 基因组语言模型推理 skill。用于执行 OneScience Evo2 的 DNA prompt、FASTA、predict、logits、序列生成或变异打分类推理，收紧 NeMo/Megatron checkpoint、tokenizer、seq_length、position_ids、loss_mask、FASTA seq_idx 映射、设备资源和输出校验。
Bio Expression Matrix Feature Tables
表达矩阵、特征表和稀疏组学矩阵基础 skill。用于 count matrix、TPM/CPM、feature x sample 表、gene ID mapping、metadata join、sparse Matrix Market、AnnData h5ad、loom、zarr 和下游 workflow 输入检查。
Bio Ptdit Protoken Inference
PT-DiT 与 ProToken 推理 skill。用于执行 OneScience PT-DiT 的 ProToken latent 蛋白序列-结构协同生成、de novo design、RePaint，以及 ProToken 的 PDB 编码、VQ code、decode_structure 结构重建，收紧 embedding/checkpoint 配套、NRES、设备 batch、padding_len 和输出 token/PDB 校验。
Bio Protocol Registry Eln
生物实验协议、注册和 ELN 交接 skill。用于实验协议检索整理、步骤结构化、样本/构件/库存登记字段、ELN 条目、材料试剂、版本控制和实验可追溯性。
Bio Public Data Ingestion
公共生信数据接入 skill。用于 GEO/SRA/ENA/ArrayExpress、PubMed 附件、公共 FASTQ、count matrix、h5ad、VCF、PDB/mmCIF、mzML 等数据的 accession 解析、下载计划、样本元数据抽取和可复现数据清单生成。
Bio Bioimage Segmentation
生物显微图像分割与定量 skill。用于荧光、明场、相差、3D z-stack 或 time-lapse 图像的 Cellpose、scikit-image、OpenCV、napari 审阅、mask 生成、regionprops 和细胞追踪交接。
Bio Knowledge Databases
生物信息知识库与数据库范畴路由。用于文献、序列、公共测序、变异临床、通路互作、结构、化合物、药物靶点、单细胞图谱等数据库查询与证据整理任务，选择具体 database skill。
Bio Flow Cytometry Analysis
流式和质谱流式分析 skill。用于 FCS 文件读取、通道元数据、补偿矩阵、arcsinh/logicle 转换、QC、doublet/dead cell 过滤、手动或自动门控、聚类表型和差异丰度分析。
OneSkills
A skill library for AI-native scientific research. Reusable skills for workflow orchestration, coding, runtime submission, and environment setup. Works with Claude Code, Codex CLI, Trae.
Bio Rfdiffusion Inference
RFdiffusion 蛋白骨架生成推理 skill。用于执行 OneScience RFdiffusion 的 unconditional backbone generation、motif scaffolding、binder design、symmetric oligomer、partial diffusion，收紧 Hydra contig、input_pdb、checkpoint、num_designs、output_prefix、TRB/trajectory 和后接 ProteinMPNN 校验。
Bio Molsculptor Inference
MolSculptor 小分子生成与优化推理 skill。用于执行 OneScience MolSculptor 的 SMILES/分子图编码、latent diffusion、de novo generation、分子优化、reward 筛选和 case 脚本，收紧 RDKit sanitize、padding/vocab/checkpoint、采样策略、外部 docking 依赖和 SMILES/SDF 输出校验。
Bio Af2 Folding Inference
AlphaFold v2 / OpenFold 蛋白结构推理 skill。用于执行 OneScience 中 AlphaFold JAX、AlphaFold-Multimer 或 OpenFold PyTorch 的 FASTA/MSA/template 推理，收紧 model_preset、db_preset、feature pipeline、checkpoint、输出 PDB/PAE/pLDDT 校验和常见失败恢复。
Bio Literature Sequence Search
文献、序列和公共测序数据库查询 skill。用于 PubMed、NCBI Gene/Nucleotide/Protein/SRA/GEO、ENA、UniProt、Ensembl、BioProject、BioSample、accession 映射、FASTA/GenBank 下载和文献证据整理。
Bio Digital Pathology Wsi
全切片病理图像 WSI 处理 skill。用于 H&E/IHC/mIF whole-slide image 的组织检测、tile extraction、stain normalization、slide QC、tile-level 特征、病理 ML 数据集准备和报告交接。
Bio Pathway Ppi Databases
通路、功能、互作和调控数据库 skill。用于 GO、KEGG、Reactome、WikiPathways、STRING、BRENDA、QuickGO、JASPAR、motif、enzyme、PPI、pathway enrichment 和网络证据查询。
Onescience Cli
在远程 SSH/SLURM 环境中通过 `onescience` 命令执行任意 OneScience 子命令。根据命令级别（lightweight/normal/compute）自动选择执行通道。环境初始化由 `onescience-installer` 技能处理，计算节点申请与作业提交由 `onescience-runtime` 技能处理。本技能只负责 `onescience` 命令的调度与执行。